Dalam rangka menanggulangi pendidikan secara ilmiah dan teologis terhadap permasalahan-permasalahan dari konteksnya, maka STAKPN Burere Sentani meningkatkan kualitas Pendidikan Agama Kristen di daerah Papua melalui Pascasarjana Teologi untuk Program Studi Pendidikan Agama Kristen (S2 PAK). Alasan mendasar ialah meningkatkan kompenetsi dan profesionalisme kerja guru PAK dalam dunia pendidikan dan pelayanan di gereja, masayarat, bangsa dan negara. Urgensi untuk melakukan peningkatan Pendidikan Agama Kristen di STAKPN Burere Sentani Provinsi Papua berdasarkan percakapan bersama Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama RI dan Sekretaris Jenderal Kementerian Agama RI, tanggal 29 November 2011 di Jakarta yang ditindaklanjuti dalam pembicaraan bersama pimpinan pusat dan daerah di Bandung Februari 2012. Melihat kenyataan banyaknya sarjana yang telah menyelesaikan Pendidikan Agama Kristen permulaan (S1 atau setaraf) ataupun sarjana bidang studi yang lain kendati berminat untuk memperdalam keahlian dan meningkatkan ketrampilan berteologi, ditunjang lagi oleh sarana yang memadai. Maka penyelenggaraan Pascasarjana Teologi untuk Program Studi Pendidikan Agama Kristen (S2 PAK) di STAKPN Burere Sentani Provinsi Papua sangat mendesak untuk dilaksanakan.
Dasar Pembukaan Program Pascasarjana
Dasar hukum penyelenggaraan Pascasarjana Teologi untuk Program (S2 PAK) ialah :