STAKPN Sentani adalah Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan di bawah naungan Direktorat Jendral Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama Republik Indonesia sebagai penyelenggara pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni pada umumnya, dan secara khusus ilmu Agama Kristen Republik Indonesia sebagai penyelenggara pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni pada umumnya dan secara khusus ilmu Agama Kristen.

STAKPN Sentani merupakan perubahan dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Oikumene yang telah berdiri sejak tanggal 21 Juni 1995, yang didikan dan diresmikan tanggal 10 April 2001