Program Studi Musik Gereja merupakan bagian dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri (STAKPN) Sentani yang secara organisatoris berada di lingkungan Kementerian Agama yang dipimpin oleh Ketua dan bertanggungjawab kepada Menteri. Secara fungsional pembinaan STAKPN Sentani dilakukan oleh Direktur Jenderal Bimas Kristen. STAKPN Sentani bertanggungjawab dalam menyelenggarakan Tridharma Perguruan Tinggi yakni bidang Pendidikan dan Pengajaran, bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Selain itu Lembaga STAKPN juga berfungsi merumuskan kebijakan dan perencanaan program; melaksanakan pembinaan civitas akademika dan hubungan akademis ilmiah dan sosial sesuai dengan lingkungannya; melaksanakan kerjasama Sekolah Tinggi dengan perguruan Tinggi/lembaga lainnya serta melaksanakan pelayanan kegiatan administratif.
STAKPN Sentani terdiri dari unsur-unsur sebagai berikut: Senat Sekolah Tinggi; Ketua dan Wakil Ketua I, II, III; Program Studi; Pusat Penelitian dan Pengabdian Masyarakat; Dosen, bagian administrasi; unsur penunjang akademik meliputi: Perpustakaan, Laboratorium Komputer dan Bahasa. Masing-masing unsur tersebut memiliki tugas dan fungsi sesuai dengan bidangnya sebagaimana diatur dalam PMA Nomor 16 Tahun 2016 tentang STATUTA STAKPN.
Prodi Musik Gereja dipimpin oleh seorang ketua yang dipilih di antara dosen Prodi dan bertanggungjawab secara langsung kepada Ketua STAKPN Sentani. Ketua Prodi Musik Gereja yang bertanggungjawab atas mutu hasil pendidikan pada Prodi dan menghasilkan lulusan yang bermutu dan berdaya saing tinggi dalam ilmu Musik Gereja. Dalam melaksanakan tugasnya, ketua Prodi dibantu oleh seorang Sekretaris yang mempunyai tugas melaksanakan urusan administrasi Prodi. Pimpinan Prodi Musik Gereja mengembangkan tugas dan fungsinya berdasarkan visi dan misi Prodi yang dijabarkan dari visi dan misi lembaga STAKPN.
Selain itu, pimpinan Prodi dalam menjalankan tugasnya wajib mengikuti dan mematuhi petunjuk kerja dari Ketua dan para Pembantu Ketua serta melaporkan tugas dalam pertemuan/rapat evaluasi. Unsur lainnya dalam Prodi yakni Dosen Prodi yang secara fungsional berperan dalam penyelenggaraan Tridharma Perguruan Tinggi.
Tenaga dosen Prodi Musik Gereja sebanyak 8 orang, yang semua berkualifikasi Magister. Ketua Prodi juga bertanggungjawab untuk memimpin dan mengkoordinasikan para dosen dan melakukan bimbingan petunjuk bagi pelaksanaan tugasnya masing-masing. Semua unsur berperan sesuai dengan tugasnya di bidang kerja masing-masing. Jika ada terjadi pelanggaran terhadap kode etik akademik maupun pelanggaran lainnya yang dilakukan oleh dosen maupun mahasiswa maka dilakukan pemberian sangsi atau hukuman. Dalam memberikan sangsi, Prodi terlebih dahulu melakukan koordinasi dengan pihak pimpinan lembaga. Sangsi terhadap dosen maupun mahasiswa diatur dalam STATUTA STAKPN Sentani dan Peraturan Akademik (sanksi akademik dan sanksi administratif). Selain itu ada juga pemberian sanksi atau hukuman kepada Dosen/PNS yang diatur dalam Peraturan Pemerintah yang mengatur tentang Disiplin Pegawai Negeri Sipil (PNS).